Ciao ho avuto lo stesso identico problema e grazie a questo post di jan 2011 ho risolto:

La soluzione migliore (ma con la perdita delle note e segnalibri finora fatti) è la formattazione del T1 o almeno la cancellazione di tutti i libri sia sul T1 e sul ReaderforPC (non tanto consigliata questa seconda).

ATTENZIONE salvare prima, il Manuale del T1 in formato epub  e vari libri, musica e foto presenti solo su T1 e non sul PC, prima di proseguire.

Se vuoi fare una cosa simile è facile e con pochi rischi, se stai un po’ attento. (Dopo l’ultimo aggiornamento del ReaderforPC 23-02-2012, l’ho fatto anch’io e da allora non ho più avuto problemi di sincronizzazione).

Leggi quando segue e se qualcosa non ti è chiaro postamelo per ulteriori spiegazioni prima di iniziare l’azione.

Si prosegue in questa maniera:

Avvii il ReaderforPC e in “Modifica”--->”Preferenze…” togli lo spunto dall’opzione “Avvia Reader Desktop Edition alla connessione del dispositivo reader” (se non l’hai già fatto).

Chiudi il ReaderforPC e colleghi il T1 sul PC. Fai un Backup di sicurezza di tutti i dati (anche se di questi ci sono pochi dati importanti).

Esempio sul Disco Setting ci sono i dati per una futura installazione su un altro PC del T1 e del ReaderforPC.

Sul disco Reader c’è in “download” eventuali ebook scaricati via WiFi.

In Sony_Reader--->Media si trovano tutti gli ebook, file musicali e foto caricati sul T1.

Puoi salvare tutto (al massimo se il T1 è pieno saranno 1,5Gb di dati).

Dopo il Backup avvii il ReaderforPC e dopo la sincronizzazione automatica attivi tutte le spunte sulle scelte per la sincronizzazione (Libri, Note, Collezioni…), clicchi sul “Disconnetti” e stacchi il T1 dal PC.

Cancelli tutti i Libri, note, collezioni,…. dal ReaderforPC (i file vengono cancellati dal database del ReaderforPC ma non dal disco fisso del PC).

Riavvii il ReaderforPC e carichi tutti gli ebook, musica,… con il menu “File”--->”Importa file o cartella” dalle posizioni laddove gli hai salvati sul PC.

Ora sul T1:

Home pagina2--->”Impostazioni”--->”Inizializzazione”--->”Formattare la memoria”--->”Memoria interna”--->”Sì”.

Dopo la formattazione riavvii il T1 e lo colleghi al PC.

Una volta finita la sincronizzazione, secondo me, finiranno anche i tuoi problemi.